您在乡镇卫生院在职不在岗时，可能面临以下法律风险：1.工资被无故克扣的风险：例如，单位以“不在岗”为由全额停发工资，但实际您是单位安排的待岗，此时单位违反《劳动法》第五十条“不得克扣工资”的规定，您可能遭受经济损失。2.证据链缺失的风险：例如，您主张是单位安排待岗，但未保留待岗通知或沟通记录，单位否认待岗事实，您因缺乏证据无法证明权益被侵害，维权难度加大。
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针对您在职不在岗的工资发放问题，可依据《中华人民共和国劳动法》明确法律依据。《中华人民共和国劳动法》第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”若您是单位安排的待岗，单位需按月支付生活费（不低于当地最低工资标准的一定比例），符合“按月支付”要求；若因个人擅自离岗，单位按制度扣减工资需有合法依据，不得随意克扣。综上，单位发放工资需符合该法条“不得克扣”的核心要求，具体金额依不在岗原因确定。
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您在乡镇卫生院在职不在岗时，以下特殊情况会影响工资发放：1.单位因财政困难暂时无法支付工资：若乡镇卫生院因当地财政拨款延迟导致工资发放困难，需与工会或职工协商延期支付，此时工资发放时间会延迟，但单位需出具书面说明并承诺支付期限，不得无故拖欠。2.您与单位签订待岗协议：若您与单位就不在岗期间的工资达成书面协议（如约定按最低工资标准的80%发放），则工资发放需按协议执行，协议内容不得违反法律规定（如低于当地最低工资标准的70%）。3.借调至其他单位：若您被借调至其他医疗机构，工资发放可能由原单位（乡镇卫生院）按原标准发放，或由借调单位与原单位协商分配，需明确双方责任，避免工资发放主体不清。
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您在乡镇卫生院工作但在职不在岗，工资发放需结合具体情况判断。在职不在岗的工资发放需根据不同情形确定。1.若存在单位安排的待岗情形：单位应按不低于当地最低工资标准的70%-80%（具体比例依地方规定）发放生活费，保障基本生活。2.若存在因个人原因（如长期请假未获批准、擅自离岗）导致的不在岗：单位可按规章制度扣减工资，甚至停发工资（需符合劳动合同约定及法律规定）。3.若存在借调、外派等单位安排的不在岗：应按原岗位工资标准或借调协议约定发放工资，不得无故克扣。

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